Tm值的计算方法

Tm值的计算方法

核酸Tm值（解链温度）计算

评价标准是核酸所吸收的光线量达到其所增加吸收260nm光线的量的两倍达到的温度，

当核酸达到Tm值时，其260nm吸收量可增加百分之四十（紫外吸收量随解体程度而增加，直至完全解体。

长度为25mer以下的引物，Tm计算公式为：Tm = 4℃(G + C)+ 2℃(A + T)

对于更长的寡聚核苷酸，Tm计算公式为：

Tm = 81.5 + 16.6 x Log10[Na+] + 0.41 (%GC) – 600/size

公式中，Size = 引物长度。

多种因素影响杂交的DNA的两条链之间的效率。这些包括杂交分子（DNA或RNA），其长度的性质，杂交环境（盐浓度和变性剂），探针浓度，并且它们的序列。

为膜结合的目标和中等长度的DNA探针，豪利等确定的融解温度（Tm），在该探针的50%进行退火以它的互补链被定义为：

TM =81.5+16.6logM+41（%G +%C） - 500/ L - 0.62F

其中

M =摩尔一价阳离子的浓度

%XG或C = G和C核苷酸的各馏分中的探针

L =长度退火的产物

F =摩尔甲酰胺浓度

例如，与序列AGGTCATTG短寡核苷酸探针在75 mM的溶液未经甲酰胺具有预测的T m=81.5+16.6log（0.075）+ 41（0.33±0.11） - 9分之500 - 0.62（0）

=24.1℃，

这个方程是不适合的探针小于约50个核苷酸。这个等式的修饰包括

RNA的TM =79.8+18.5logM+58.4（%G +%C）11.8（%G +%C）2-820/ L-0.35F

一种RNA-DNA杂交=79.8+18.5logM+58.4（%G +%C）11.8（%G +%C）2-820/ L-0.50F的TM

较大的数字反映了RNA形成杂交的稳定性增加。

对于寡核苷酸，华莱士等确定

TD= 2（A + T）4（C+ G），其中TD =温度（℃），其中所述寡核苷酸的50%被退火到其膜结合的互补序列。在探头的每个特定核苷酸的数目被插入方程代替字母。该方程是在0.9 M氯化钠短（14-20聚体）是有用的。

例如：对于序列AGGTCATTG，在TD =2（2+3），4（1+3）=26°C

当目标和探头都是免费的溶液中，加入7-8℃，到TD。

熔融温度在溶液中通过绘制OD相对于温度来确定。 S形曲线的中间点是熔融温度。

熔点的其他估计基于近邻分析（由Genosys5审查）已被确定为DNA3或RNA4。布雷斯劳尔，等[3]发现，熔化DNA双链的行为是其一级序列可预测的。

在这里，

TM =1000（DH）/[A + DS）+喉返神经（CT /4）] - 273.15+16.6log（钠离子）。

其中

DH =的近邻焓变的和移动的一个基站在同一时间，通过序列

A =校正配对的起始（=-10.8）

DS =最近邻熵的变化的总和

R =1.987卡度-1摩尔-1）

克拉是链的摩尔浓度。

自我互补链，术语“CT /4”被替换为衣原体。

DH和DS的值示于表中。

Nearest Neighbor DH DNA （千卡/摩尔） DH RNA（千卡/摩尔）DS DNA （千卡/摩尔）; DNA DS RNA （千卡/摩尔）

AA or TT - 9.1 - 6.6 -24.0 -18.4

AT - 8.6 - 5.7 -23.9 -15.5

TA - 6.0 - 8.1 -16.9 -22.6

CA or TG - 5.8 -10.5 -12.9 -27.8

GT or AC - 6.5 -10.2 -17.3 -26.2

CT or AG - 7.8 - 7.6 -20.8 -19.2

GA or TC - 5.6 -13.3 -13.5 -35.5

CG -11.9 - 8.0 -27.8 -19.4

GC -11.1 -14.2 -26.7 -34.9

GG -11.0 -12.2 -26.6 -29.7